Vencidas as incertezas ideológicas individuais, os stalinistas, que não aceitavam as resoluções do XX Congresso do PCUS, constituíram-se como um grupo organizado a partir do V Congresso do PCB, de setembro de 1960.
Em março/abril de 1961, uma reunião da cúpula do partido, realizada em são Paulo, colocou em prática as resoluções daquele Congresso, as quais autorizavam o CC a proceder modificações, a fim de que o PCB pudesse ser legalizado junto ao Tribunal Superior Eleitoral (TSE). Desse modo, alterou-se o nome para Partido Comunista Brasileiro, conservando-se, todavia, a sigla. Retirou-se, do Estatuto, os termos "marxismo-leninismo" e "internacionalismo proletário" e aprovou-se novo Programa, de não consta que o objetivo final seria o estabelecimento uma "sociedade comunista".
Em 11 de agosto de 1961, a publicação dessas modificações no suplemento do jornal "Novos Rumos" provocou o acirramento das divergências. No mesmo mas, cerca de 100 dirigentes e militantes stalinistas encaminharam um vigoroso protesto ao CC/PCB. Nesse documento, conhecido como a "Carta dos Cem", protestam contra o CC por ter violado as decisões do V Congresso, afirmando que elas só poderiam ser modificadas por outro Congresso. Chamam a alteração de "ridícula", criticam o Programa e não concordam com a retirada das expressões "marxismo-leninismo" e "internacionalismo proletário" do Estatuto (3). Finalmente, consideram que o novo Partido Comunista Brasileiro não é o verdadeiro Partido Comunista do Brasil e apelam ao CC para que convoque um Congresso Extraordinário.
Em outubro, os stalinistas são expulsos do PCB. No ano seguinte, de 11 a 18 de fevereiro, em São Paulo, realizam uma Conferência Nacional Extraordinária , e fundam o Partido Comunista do Brasil, com a sigla PC do B. Consideram-se os reais continuadores do antigo PC e a essa Conferência, dão o número V e o nome de Confer6ncia de Reorganização do Partido. Fazem publicar o documento "Em Defesa do Partido" e aprovam o Estatuto e um Manifesto-Programa. Finalmente, elegem um CC, composto, entre outros, por João Amazonas, Maurício Grabois, Pedro Pomar, Carlos Danielli, Calil Chade, Llncoln Cordeiro Oest, Ângelo Arroio, José Duarte, Elza Monerat e Walter Martins. Diógenes de Arruda Câmara só ingressou no PC do B após a Revolução de março de 1964.
O documento "Em Defesa do Partido" limita-se a divulgar os mesmos conceitos emitidos na "Carta dos Cem", de agosto de 1961, no sentido de justificar a dissidência formada no PCB. No "Manifesto-Programa", o PC do B traça as bases de sua linha política, num retorno ao preconizado no IV Congresso do PCB, de 1954. Orientando-se pelo marxismo-leninismo e objetivando atingir o socialismo e o comunismo, afirma que as classes dominantes "voluntariamente" não cederão suas posições e "tornam inviável o caminho pacífico da revolução". Defende "a luta decidida e enérgica e ações revolucionárias de envergadura", desencadeadas pelos operários e pelos camponeses, junto com os estudantes, os intelectuais progressistas, os soldados e marinheiros, os sargentos e oficiais democratas, os artesãos, os pequenos e médios industriais e comerciantes e os sacerdotes ligados às massas.
Tais segmentos da sociedade, ainda segundo o "Manifesto-Programa", deveriam "instalar um governo popular revolucionário" que instaurasse "um novo regime um regime antiimperialista, .antilatifundiário e antimonopolista". Nesse documento, o PC do B elogia a China popular e não ataca a União Soviética. Somente no ano seguinte, em julho de 1963, no documento intitulado "Proposta a Kruschev", o Partido definirá sua posição internacional, apoiando o PC da China (PCCh) e o Partido do Trabalho da Albânia (PTA), e atacando o PCUS.
Na realidade, o PC do B constituiu-se na primeira grande cisão do PCB, contrária à via pacifica e favorável à luta armada. Em seus primeiros dois anos de existência, limitou-se a organizar-se e a atacar a política "revisionista" do PCB. Tentou, também, influir no movimento de massa, particularmente, com a incorporação, no final de 1962, de cerca de meia centena de militantes das Ligas Camponesas de Goiás e Pernambuco. Elegeu Stalin como o 4º grande pensador comunista, depois de Marx, Engels e Lenin. Só alguns anos mais tarde, o PC do B assumiu o pensamento de Mao Tsetung, que o levaria à aventura do Araguaia.